A comprendere le possibilità fortificatorie dei colli di Cagliari è Pisa, che nel 1258 ha la meglio su Genova per il predominio nella città.

La vittoria pisana trasformò radicalmente Cagliari che ebbe un assetto amministrativo e giudiziario modellato sul Comune toscano.

La grande novità urbanistica fu invece rappresentata dalla realizzazione di una cerchia di mura che isolò Castello dal resto della città, facendone la sede degli uffici pubblici e la dimora dei cittadini pisani, e che rappresentò lo strumento di difesa delle attività mercantili, attivate con grande vigore.

Successivamente, a difesa del porto furono circondati da mura anche il quartiere Marina e le due "appendici" di Stampace e Villanova.

Il dominio pisano fu presto minacciato dalla politica temporale di Bonifacio VIII, che nel 1297 infeudò la Sardegna e la Corsica in favore di Giacomo II d'Aragona.

Pisa corse ai ripari e le rinforzate mura di Castello furono dotate delle torri di S. Pancrazio e dell'Elefante, costruite rispettivamente nel 1305 e nel 1307 dall'architetto sardo Giovanni Capula.

Le preoccupazioni non erano infondate. Gli Aragonesi infatti si apprestarono nel 1323 alla conquista, concentrando una flotta nel golfo di Palmas per muovere di qui all'assedio di Cagliari.

Nel 1324, il trattato stipulato fra Pisa e Aragona mette fine all'influenza pisana in Sardegna, e segna l'inizio del dominio iberico. Tre anni dopo, l'approvazione dello statuto del Coeterum sancisce la scomparsa degli ordinamenti pisani.